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思源笔记以内容块、双向链接和所见即所得 Markdown 编辑器组织个人知识，可把引用、查询、PDF 标注和任务放进同一工作空间。它提供桌面与移动应用，也能通过 Docker 自托管，并支持导出 Markdown、PDF、Word 和 HTML，适合重视本地数据控制的用户。

Logseq 用 Markdown 或 Org-mode 笔记、双向链接和知识图谱帮助用户整理想法，也包含任务管理、PDF 标注以及插件和主题生态。桌面与移动端均可使用；新的数据库图谱处于测试阶段，实时协作和新移动端仍为早期版本，重要资料不宜在缺少备份时直接迁移。

Trilium Notes 用可无限嵌套的树状结构组织个人知识，单条笔记还能克隆到多个位置，并支持富文本、代码笔记、全文搜索和版本记录。它既可作为跨平台桌面应用使用，也能部署到自己的服务器并通过浏览器访问；移动端主要依赖服务器网页界面或第三方应用。

Tolaria 是跨 macOS、Windows 和 Linux 的桌面知识库工具，用于整理个人笔记、团队文档或智能体记忆。笔记保持为带 YAML 元数据的 Markdown 文件，每个知识库也是 Git 仓库，可离线使用并保留版本历史，不依赖 Tolaria 账号、订阅或云服务。